Kościół w Niemczech był ściśle powiązany z osobą monarchy gdyż to właśnie on był głową kościoła. Toteż zniesienie monarchii w 1918 zadało protestantyzmowi głęboki i trudny do uleczenia cios. Od tego momentu na czele poszczególnych organizacji kościelnych stanęli wybieralni wyżsi duchowni. Podczas trwania Republiki Weimarskiej nie doszło do zjednoczenia kościołów protestanckich.Przeprowadził to dopiero Hitler. Powołał on do życia funkcje tzw. Reichbischofa,czyli biskupa Rzeszy. Miało to miejsce w roku 1933. Pierwszym biskupem rzeszy został mianowany Ludwig Muller. Z biegiem czasu zaczęto myśleć nad przejęciem większej kontroli nad Kościołem. Przejawem tego działania było powołanie do życia w roku 1935, a dokładniej 16 lipca tego roku Ministerstwa Spraw Kościelnych. Na czele nowopowstałej komórki stanął Hans Kerrl. Odgórne działania nie mogły jednak scalić prądów protestantyzmu. Efektem tego było powstanie dwóch głównych nurtów wiary protestanckiej. Jeden obóz zrzeszał zwolenników hitleryzmu wśród działaczy protestanckich. Nazwali się oni "chrześcijanami niemieckimi". Odrzucali oni "żydowski" Stary Testament oraz "zniekształcenie heroicznej nauki Chrystusa" przez "Żyda", apostoła Pawła, twierdzili że narodem wybranym przez Boga są Niemcy i że najwspanialszym darem Bożym jest osoba Adolfa Hitlera. Natomiast koła opozycyjne, były przeciwne areligijnemu charakterowi hitleryzmu. Opozycja tworzyła tzw. "Kościół wyznający", którego główną postacią był Martin Niemoller.

Jednak tak naprawdę opozycja ta nie miała żadnego wpływu na wydarzenia gdyż była zbyt nieliczna. Reforma objęła również Kościół katolicki. Sprawy zostały uregulowane podpisaniem 20 lipca 1933 roku konkordatu z Watykanem.Konkordat ten stanowił ukoronowanie procesu reorganizacji i umacniania Kościoła katolickiego - na tle rozkładu protestantyzmu - po I wojnie światowej. Silna pozycja Kościoła katolickiego była ugruntowana już za czasów Republiki Weimarskiej gdyż to właśnie katolickie stronnictwo Centrum stanowiło podporę jej rządów. Pod względem intelektualnym katolicy niemieccy zaczęli przezwyciężać swoje tradycyjne zacofanie w stosunku do protestantów. Znamienny jest fakt że, jeśli w XIX w.Konkordat ze Stolicą Apostolską zawarła tylko Bawaria (było to w roku 1817) to po I wojnie światowej zawarto aż cztery konkordaty. Uczyniła to Bawaria (1924 rok), Prusy (1929), Badenia (1932) i wspomniana już Rzesza w 1933 roku.Konkordat zawarty przez Rzesze nie wnosił nic nowego tyle tylko, że rząd Rzeszy zobowiązał się do przestrzegania zawartych już wcześniej postanowień. Władze Rzeszy uległy naciskom i zgodziły się na przyznanie swobody w kwestii obsadzania stanowisk kościelnych. Poza tym utrzymano podział szkół według kryteriów wyznaniowych. Wydaje się, że w wyniku podjętych działań zyskiwał tylko Kościół, a co dostał w zamian Hitler? Otóż dzięki podpisaniu konkordatu dał Fuhrerowi ogromny wzrost prestiżu w kraju i za granicą. Sygnatariuszami konkordatu byli: wicekanclerz Papen oraz papieski sekretarz stanu kardynał Eugenio Pacelli (późniejszy papież Pius XII).

Mimo podpisania umowy ze Stolicą Apostolską hitlerowcy dążyli do wyparcia wpływu Kościoła ze wszystkich dziedzin mających jakikolwiek wpływ na politykę. Efektem tego były ciągle zgrzyty na linii władza Kościół. Główną kością niezgody było ujęcie całej młodzieży w ramy organizacji Hitlerjugend. Miała ona, bowiem charakter areligijny, gdyż w niedziele urządzano wycieczki i imprezy, które uniemożliwiały uczęszczanie do Kościoła. Od roku 1935 mnożyły się procesy duchownych oskarżonych o przestępstwa seksualne i dewizowe. Mimo to episkopat niemiecki odnosił się do hitleryzmu z sympatią większą niż kiedyś do republiki demokratyczno-parlamentarnej. Przykładem tego są orędzia, jakie wydawano po wybuchu wojny z Polska. Wezwano wtedy żołnierzy do wypełnienia obowiązku, natomiast później zachowywał na ogół milczenie. Papież Pius XII żywił szczególną sympatię do Niemiec. Wiązało się to z jego przeszłością. Otóż od 1917 był on nuncjuszem w Bawarii a w latach 1920 do 1929 Rzeszy. Sam bał się komunizmu więc działanie władz Rzeszy nie wywoływały w nim sprzeciwu. Nie potępił on nigdy zbrodni hitlerowskich. Głośnym echem odbiła się ustawa z 14 lipca 1933 roku o sterylizacji osób nieuleczalnie chorych oraz eutanazja takich osób zarządzona potajemnie przez samego Hitlera w dniu wybuchu II wojny światowej. Jednak Kościół nie prowadził jakiejś ostrej polityki sprzeciwu. Dopiero w kazaniu wygłoszonym 3 sierpnia 1941 roku biskup Munster Klemens von Galen napiętnował eutanazje, wskazując zręcznie na możliwość objęcia nią żołnierzy niemieckich, którzy odnieśli na froncie nieuleczalne rany. 11 sierpnia cały episkopat złożył protest przeciw eutanazji, której odziwo odtąd zaniechano. W sprawie zbrodni popełnionych wobec innych narodów przedstawiciele hierarchii kościelnej nie zgłaszali protestów...